维吾尔族在历史上信仰过原始宗教、萨满教、祆教、摩尼教、景教、佛教等，后来又改信奉了伊斯兰教。
维吾尔族在对大自然的认识过程中，最初出现了对自然崇拜、祖先崇拜和图腾崇拜。他们崇拜太阳、月亮、星星、大树、天、山、海、火。现在还保留了不少原始宗教的遗风。如鄯善维吾尔族不准朝着太阳、月亮吐唾沫，大小便，不准在崇为“圣树”的树下做秽行之事。视盐为圣物，结婚婚礼，新娘坐车要越过一个火堆，或由新娘围着火堆绕行三圈等习俗。这些都是原始宗教的遗迹。
众所周知，维吾尔族是以狼为图腾的，但对其成因却很少有人探讨。或认为突厥“大柢犬狼之族，繁于北方，故浑沌草昧者引以为徵，是固不足深求，亦无可置信”——干脆不予重视;或简单从狼与游牧民族生活的关系方面加以解释——这亦未免有此牵强，因为生活在同一区域的游牧民族并非全是以狼为图腾的。如黠戛斯人曾以雪豹和牛为图腾，哈萨克人的先祖则曾以白天鹅为图腾。维吾尔族以狼为图腾。
维吾尔族的诸宗教文化尤其是伊斯兰文化的冲击下，仍未能改变其衰落的命运。这种衰落是由诸多方面的因素所决定的，是历史发展的必然趋向。虽则如此，其用作团结民众、激励斗志及崇尚勇猛的文化精华却作为文化遗产被保留在历史传说和人民的记忆乃至日常生活习俗之中。作为一种文化现象，狼图腾不可能也并未因维吾尔诸宗教文化的衰落、消亡而消失，相反，却一直保留了下来。
经过数百年的社会遗传，以至于最终形成了如《周书》等所录之神话。同样的神话亦保留在匈奴方面的传说之中。据载，匈奴单于曾生有二女，姿容甚美，单于欲“将以与天”，乃筑一高台，将二女置其上，“请天自迎之”，四年后，有一老狼昼夜守在台下嚎叫，并在台下掘一洞穴。
其小女从台上下来后，“为狼妻而产子，后遂滋繁成国”，称为高车。故而谓高车“其先匈奴之甥也”所谓“侍卫之士谓之附离”正蕴含了猎骄靡曾为狼所哺养、护卫之深刻内涵;而“置附邻可汗”，显然是对可汗的美称，比喻其勇猛如狼。至于“牙门树金狼头纛”，回鹘“可汗恃其强，陈兵引子仪拜狼头纛而后见”等记载则是对其狼图腾崇拜的真实写照。狼并非为所有操突厥语部落的图腾。在一个被称作贝格列的默戛斯叶尼塞如尼文碑上刻有如下两句话：“我打死七只狼，我没有打雪豹和鹿。”
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