二次离子质谱法对于大部分元素都有很高的探测灵敏度其检测下限可达百亿分之几的数量级。
痕量分析二次离子质谱法有极高的分辨率，可以达到十亿分之几的数量级。进行这种分析要求排除所有可能影响结果的干扰，防止表面吸附物污染被测试表面，测试要在高真空和高纯度的离子束条件下进行。
定量分析采用的是以标样为基础的分析方法，二次离子分析器的能带通道确定之后，就能使用元素的相对灵敏度系数对样品进行确切的分析。
深度分析的一般方法是监控样品中某元素的二次离子信号随溅射时间的变化，对于均
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