转录(transcription) 也称为RNA 的生物合成，是以DNA 的一条链为模板，在DNA依赖的RNA聚合酶( RNA polymerase) 催化下，以4种NTP( ATP、CTP、GTP 和UTP)为原料，按碱基配对的方式合成一条RNA分子的过程。对于有些RNA 病毒，RNA也可以指导合成RNA。
如何确定基因的转录起始位点
已知基因的结构包括编码区和非编码区，编码区分上游和下游，真核生物基因的编码区还分外显子和内含子．即基因的结构是非编码区上游、编码区、非编码区的下游．在编码区的上游有启动子，其上含有转录起始位点（TSS）、在编码区先有起始密码子编码序列（ATG），最后有终止密码子编码序列（TGA）、在非编码区的下游有终止子，其上含有转录终止位点（TTS），所以在一个典型的基因内部，以上四种序列的排列顺序是TSS-ATG-TGA-TTS．故选：B．
如何找一个基因的转录起始位点
需要用其基因中段一段已知序列作为3‘端引物，以mRNA为模板，逆转录做5’端RACE（Rapid amplification of cDNA End，如果不知道原理自己去查，太多不好解释）,将扩增产物连接入质粒载体测序，其测序结果5'端即为转录起始位点。通常在真核生物中，转录起始位点距ATG翻译起始位点上游100bp左右，包含明显的TATA box序列。
有基因组序列的情况下如何确定转录起始位点
你看自己做的那个物种有没有基因组序列，如果有在NCBI中先找到自己要做的基因，然后找到基因组序列，做blast后在基因组上选取上游的大概1000多个碱基，然后用软件分析，一般就找到转录起始位点了，转录起始位点也就在启动子位置。如果没有基因组序列，就比较麻烦，需要用染色体位移技术，先克隆到哪个序列，在用软件做分析。用软件分析后，还需要用实验验证，才能完全确定你需要的转录起始位点。
如何查找一条基因序列的转录起始位点
首先要弄清楚 intronic intergenic的概念. 但是注意intronic未必就和host gene一样.
关于pri-miRNA的研究其实不多,如果你仅仅想检测pri-mRNA的表达,不需要从转录起始位置设计.只要在pre-miRNA序列之外,暂时可以认为是pri-miRNA了(当然也有例外比如mitron,还有未知道的特例).realtime-PCR 引物设计一般限制在200bp左右,那么这个范围可以代表pri-mRNA.ABI有现成的引物提供,也可以通过文献找,我印象中几篇paper提供了一堆引物序列.
如果要对剪切进行研究,那么建议看下韩国的Narry Kim的文章,会对你有帮助
TSS也仅仅是按照以往基因研究中的规则进行的预测.miRbase中有一部分预测结果已经注释出来.
因为转录剪切这个领域没有太多的人在做,所以很多规则只能先按照以往基因转录的原则来进行.
如何寻找转录起始位点，promoter基本结构，原核生物1RNApol识别
（1）启动子序列
A：原核生物启动子序列：包括：
①CAP-cAMP结合位点：结合CAP-cAMP,调节基因转录；
②RNA聚合酶进入位点：a：在转录的-35附近,一个Sextama框,是RNA聚合酶的识别和初始结合位点；b：在转录的-10附近一段核苷酸序列,TATA序列,称为Pribnow框,是RNA聚合酶的结合位点.
B：真核生物启动子序列（以RNA聚合酶Ⅱ启动子为例）
a:帽子位点：转录的起始位点
b：TATA框,又称Hogness框,－25,类似于原核生物的Pribnow框,决定了转录起点的选择.
c：CAAT框：－75附近,控制着转录起始的频率
d：增强子：－100以上,对转录起着调节作用.
（2）终止子序列：在在正确的时间和地点终止转录作用.
转录起始位点和起始密码子是一个意思吗?怎么查找转录起始位点?
不是
转录起始位点又叫启动子,它是RNA聚合酶识别和结合位点。它的作用是启动DNA转录为RNA。而起始密码子是的作用是启动RNA的翻译过程。前者位于基因(DNA)的非编码区(新教材已删节),而后者位于mRNA的前端。
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