水体的颜色主要是由水体的散射、水表面的反射、水底物质对投射光等的总和对人们的视觉的综合刺激效应决定的。
九寨沟的天空无比洁净，其大气中的短波辐射较强，呈现瑞利散射。同时由于水体的选择性吸收及散射作用，使得洁净的水体中发射出以短波辐射的光波，呈现出蓝色甚至是发紫的现象。
而当水体超过一定深度后，其色彩主流来自于水体的散射而显得蓝色变深，对于浅的海子，由于生长着不同颜色的藻类，其水体颜色变化更大，如五花海中的淡黄色、黄褐色藻类，他们选择性吸收蓝光，而反射出红光和绿光，在反射过程中
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