1、科属区别：子梅鱼和小黄鱼所属的纲、目、科都是相同的，但若是再细分的话二者就不同了，因为它们是不同属、不同种的鱼。具体来看，子梅鱼属于梅童鱼属子梅鱼种，小黄鱼则是黄鱼属小黄鱼种。可见，二者是不同的两种鱼，不能将二者混淆。
2、体型区别：子梅鱼和小黄鱼的体型也是不同的。子梅鱼的体型比较小，它们成年之后的身体长度一般在4-10厘米之间，有些比较大的个体可以达到20厘米左右。小黄鱼的体型则比较大，它们的身体长度一般都在20厘米左右，比较大的个体可以达到40厘米。
3、头部区别：二者的头部也是不同的。子梅鱼的头部比较大而圆钝，吻部也比较圆钝；小黄鱼的头部不圆钝，唇部比较尖。
4、尾部区别：子梅鱼和小黄鱼的尾巴也是不同的。子梅鱼的尾巴比较细，也比较长，尾鳍的形状是楔形的；小黄鱼的尾巴比较短，尾鳍的颜色是双截形的。
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