《火影忍者》中，自来也对战佩恩是在349-353集。在这几集中，最初自来也以为眼前的佩恩就是预言中的内变革者，做出“选择”的时刻已经到了。为了打倒昔日亲手调教出来的徒弟，自来也抱着某种觉悟展开了攻击，他先运用通灵之术召唤出蛤蟆健来对抗同样也使用通灵之术的佩恩，而佩恩因为拥有传说中的轮回眼，自来也决定发动仙人模式。
成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密。
自来也是火之国木叶隐村的“三忍”之一，三代目火影猿飞日斩的弟子，四代目火影波风水门、长门、弥彦、小南、七代目火影漩涡鸣人的师父，被鸣人视为一生中最敬重的人。他指导鸣人修行，在鸣人成长的道路上起到重要作用。后到雨忍村刺探情报，结果不幸死于“晓”首领佩恩之手。
《火影忍者》相关介绍
电视动画《火影忍者》改编自日本漫画家岸本齐史的同名漫画，故事成功地将原本隐藏在黑暗中，用世界上最强大的毅力和最艰辛的努力去做最密不可宣和隐讳残酷的事情的忍者，描绘成了太阳下最值得骄傲最光明无限的职业。
火影忍者 这些对决都在第几集里面？
1、桃地再不斩VS旗木卡卡西：（2次）
9 写轮眼卡卡西
12 桥上的决战 再遇再不斩
13 白的秘术 魔镜冰晶
14 最出人意料的鸣人参战
15 零视界之战 写轮眼崩溃
16 被解开的封印
17 白色的过去 秘密的回忆
18 被称为忍者的道具
19 再不斩随雪而逝
2、李VS我爱罗
48 我爱罗粉碎！！青春！力量！爆发吧！
49 热血中止！终于爆发 禁断的奥义！
50 呜呼ROCK·李！这才是男人的活法！！
3、鸣人VS宁次
60 白眼VS影分身！我绝对会赢！！
61 死角ZERO！另一种绝对防御
62 废物的潜力！
4、猿飞日斩VS大蛇丸（其实73-79之间也有些场面，但很少）
71 古今无双！‘火影’级别的战斗
72 火影的过失 假面下的面孔
73 禁术奥义！‘尸鬼封尽’
79 冲破极限 光明与黑暗
5、我爱罗VS君麻吕
125 木叶同盟国 砂之忍者
126 最强的对决！我爱罗VS君麻吕！
6、鸣人VS佐助（这个场面有好几个了，就说终结之谷那的吧）
127-128 给我停下来 佐助！终于追上了佐助 大爆发
129 鼬和佐助 隔若天涯的存在
130 父与子 家徽的裂纹
131 开眼 万花筒写轮眼的秘密
132 朋友
133 泪的咆哮 你是我的朋友
134 泪雨的终结
135 未能信守的约定
7、小樱、千代婆婆VS蝎
240 蝎VS两位女忍者
241 蝎的真面目
242-243 夏之阵
244 三代风影
245 生死的三分钟
246 十机VS百机
247 无法实现的梦想
8、自来也VS佩恩
351 发动！仙人模式
352 六道佩恩，登场
353 自来也豪杰物语
354 宴会的引诱
9、宇智波鼬VS佐助
355-356 流转的终结！兄弟的再会
357 发动，天照
358 终焉
10、鸣人VS佩恩
第383集 爆发！仙人模式 第384集 危机！消失的仙人模式
第385集 九尾猎捕成功 第386集 告白 第387集 地爆天星 第388集 四代火影
似乎就这样了
69—73三代火影vs大蛇丸
95—96三忍之站
127—134鸣人vs佐助
240—247小樱千代vs蝎
259—263鸣人爆四尾vs大蛇丸
296—299阿斯玛班vs不死二人组
303—305卡卡西+猪鹿蝶vs不死二人组
306—308鸣人vs角都
342—345佐助vs迪达拉
347—353自来也vs佩恩
355—358佐助vs鼬
362—363鹰小队vs八尾
379—380佩恩vs卡卡西
382—389鸣人vs佩恩
422—424佐助vs五影
427鬼鲛vs八尾
429—431佐助vs团藏
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