同源序列，是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的在同一物种不同个体间或不同物种间相同或相似的DNA序列。
同源序列可分为两种：直系同源和旁系同源。直系同源的序列因物种形成而被区分开：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为两个物种，则新物种中的基因是直系同源的；旁系同源的序列因基因繁殖而被区分开：若生物体中的某个基因被复制，则两个副本序列就是旁系同源的。直系同源的一对序列称为直系同源体，旁系同源的一对序列称为旁系同源体。
什么叫同源序列法？
所谓同源序列,简单地说,是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。必须指出,相似性(similarity)和同源性(homology)是两个完全不同的概念。相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低
同源是什么意思，"同源"的汉语解释
同源意思是指水流同一源头或指事物的来源相同。
不过在遗传学中，同源这一概念主要是指序列同源，表明两个或多个蛋白质或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列也很可能有相似的功能。两个序列或者同源，或者不同源，不存在“同源度”这样的概念。序列中同源的部分也被称为保守的（conserved）。
蛋白质和DNA的同源性常常通过它们序列的相似性来判定，在生物信息学中尤其是如此。例如，如果两个基因有着几乎一样的DNA序列，那么它们很可能同源，但也有例外：它们可能没有共同的祖先，而为了适应绑定（bindto）某特殊的蛋白质的需要而演化成了一样的形式（如转录因子）。这样的序列是相似的，但却不同源。
什么是序列同源性
同源蛋白质的氨基酸序列具有明显的相似性,这种相似性称为序列同源性。具有序列同源性的蛋白质称为同源蛋白质，同源蛋白共有的相似序列称为共义序列。
（一）同源蛋白质的物种差异与生物进化
同源蛋白质、细胞色素c、系统树
（二）同源蛋白质具有共同的进化起源
氧合血红素蛋白质、丝氨酸蛋白酶类
同源基因概念（直系同源 vs旁系同源 ）
分子进化与系统发生
拉马提出进废退理论。他说生物经常使用的器官会逐渐发达，不经常使用的器官会逐渐退化。而且这种后天获得的性状是可以遗传的，因此生物可以把后天锻炼的成果遗传给下一代。达尔文认为，所有的生物物种都存在趋利的适应性变化。并且这些适应性变化会通过一种他称之为“自然选择”的过程遗传下去。而大自然是数百万年间推动演变进化的唯一力量。这个理念让达尔文成为了现代生物学之父。达尔文认为“物竞天择”意味着，存在一种最初的生物，之后通过某种方式得到了改良。
拉马克和达尔文告诉我们，进化很重要！
传统上有两种研究进化的方法。一种是看死的，一种是看活的。看死的，也就是看化石，这是进化最直接，最确凿的证据。第二种研究方法是利用比较形态学、比较解剖学和生理学等手段，确定大致的进化框架。这种方法比第一种方法更容易实现。但是这种方法仅局限于大致的框架，很多细节是存在争议的。这两种传统方法都有局限性，如今研究的是分子进化。也就是利用软件，从分子水平上构建物种的进化树。这里说的分子水平是指 DNA、RNA、以及蛋白质序列。
分子进化理论是 1962 年美国科学家 Linus Pauling提出的。这种理论与传统研究方法的最大区别是，它研究的是 DNA、RNA 以及蛋白质序列这些分子水平上的信息，而不是物种的外在特征。并且基于某一个特定的分子在不同物种中的序列差异来构建系统发生树。此外，分子进化有两个基本的假设条件，只有接受这两个假设，分子进化理论才能得以实施。第一、DNA、RNA 或蛋白质序列包含了物种的所有进化史信息。第二是分子钟理论。这个理论说的是，一个特定基因或蛋白质的进化变异速度在不同物种中是基本恒定的。所谓变异速度是指一定时间内不同碱基或氨基酸突变的个数。这个进化变异速度被认为是恒定的，跟物种没有关系。所以，拿蛋白质来说，两个蛋白质在序列上越相似，他们距离共同祖先就越近。分子钟理论是进化研究领域被普遍认可的理论，但是至今也没有直接的证据证实。
同源（Homologs）：来源于共同祖先的相似序列为同源序列。也就是说，相似序列有两种，一种是来源于共同祖先的，那么他们可以叫同源，另一种不是来源于共同祖先的，那么他们尽管相似也不能叫同源。第二种情况出现的概率虽然低，但还是存在的，所以相似序列并不一定是同源序列。同源又分为三种，直系同源，旁系同源和异同源。同源只是对性质的一种判定，只能定性描述，不能定量描述。
直系同源（Orthologs）是指来自于不同物种的由垂直家系，也就是物种形成，进化而来的基因，并且典型的保留与原始基因相同的功能。也就是说，随着进化分支，一个基因进入了不同的物种，并保留了原有功能。这时，不同物种中的这个基因就属于直系同源。
旁系同源（Paralogs）是指在同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化出新的但与原功能相关的功能来。
异同源（Xenologs）是指通过水平基因转移，来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因。异同源的产生不是垂直进化而来的，也不是平行复制产生的，而是由于原核生物与真核生物的接触，比如病毒感染，在跨度巨大的物种间跳跃转移产生的。
序列的相似性与同源性有什么区别与联系
一、区别
1、概念不同
同源性（homology）：进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系，同源性是来描述物种之间的进化关系的，所以在同源性的表达中只能用“有”或者“无”，对于有同源性的物种可以描述为“部分同源”或者“完全同源”。
相似性（similarity）：是指所检测的序列与目标序列之间相同的碱基或氨基酸占整个序列的比例（相对宏观的一个描述）。在氨基酸序列比对中相似性还包括，除了完全相同的残基外，在对应位置的两个残基是否具有相似的特性，如侧链基团的大小、电荷性、亲疏水性等。
比如在氨基酸序列的比对中（以vector NTI为例），完全相同的氨基酸都会被标为黄色，特性相似的氨基酸会被标为绿色。
2、表达方式不同
同源性的表达中只能用“有同源性”或者“无同源性”，对于有同源性的物种可以描述为“部分同源”或者“完全同源”。
相似性可以表达为“两条序列具有80%的相似性”，表示所检测的序列与目标序列之间相同的碱基或氨基酸占整个序列的比例为80%。
二、联系
相似性与同源性的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity），如果两条序列有一个共同的进化祖先，那么它们是同源的。这里不存在同源性（homology）的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。
同源性（homology）这个概念不能量化，“两条序列具有同源性”或者“不具有同源性”。而相似性（similarity）和一致性（identity）可以看作是从不同的角度对同源性的量化指标。
一般地，两条序列之间的相似性（similarity）的程度会大于一致性（identity）的程度。一般来说，序列之间的相似性（similarity）和一致性（identity）越高，序列之间同源的可能性越大。
扩展资料：
同源性的特性：
同源性是比较生物学中的一个中心概念。同源，最基本的意义就是具有共同祖先。一般来说，如果两个物种中有两个性状（状态）满足以下两个条件中的任意一个，就可以称这两个性状为一对同源性状：
1、它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同；
2、它们是具有祖先—后裔关系的不同性状。
由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。
虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。
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