基因工程技术的发展方向主要有以下方面：
基因工程与医药卫生
1．生产基因工程药品：用基因工程方法生产的“工程菌”可以高效率地生产出高质量，低成本的药品。
2．用于基因诊断和基因治疗：
基因诊断：用放射性同位素，荧光分子等标记的DNA分子做探针，利用DNA分子杂交原理，鉴定被检测标本的遗传信息，达到检测疾病的目的。
基因治疗：把健康的外源基因导入有基因缺陷的细胞中，达到治疗疾病的目的。
基因工程与农牧业，食
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